O Ministério Público tal como hoje é designado surgiu durante a Administração Transitória das Nações Unidas (acrónimo do inglês, UNTAET), que funcionou de 25 de outubro de 1999 a 20 de maio de 2002, ao fim do período de 24 anos de ocupação indonésia. A figura da Procuradoria Pública foi instituída pelo Regulamento da UNTAET n.˚ 11/2000, de 6 de Março de 2000, sobre a organização dos tribunais em Timor-Leste, que, no seu artigo 24˚, estabelecia que em cada circunscrição judicial haveria uma Promotoria.
Decorridos três meses, o Regulamento da UNTAET n.˚ 16/2000, de 6 de Junho, viria a definir a organização, estrutura e competências desta Instituição, o que motivou a escolha do Conselho Superior do Ministério Público que, através da deliberação n.˚ 58/CSMP/2014, definiu o dia 6 de junho como data comemorativa do Ministério Público. O Regulamento sobre a organização da Procuradoria Pública de Timor-Leste definiu-a como um órgão integrante da Administração Pública com competência para iniciar uma acção criminal junto de um tribunal competente e exercer funções de investigação criminal, além de dirigir e supervisionar investigações criminais levadas a cabo pela polícia ou por qualquer outro órgão. A sua estrutura incluía o Gabinete do Procurador-Geral – equiparado ao Tribunal de Recurso, então liderado por um Procurador-Geral internacional, Mohamed Othman, da Tanzânia – e as Unidades de Crimes Graves e de Crimes Comuns, além dos Gabinetes dos Procuradores Distritais, equiparados às jurisdições territoriais dos tribunais distritais.
Mais tarde, a Constituição da República Democrática de Timor-Leste, que entrou em vigor com a restauração da independência de Timor-Leste, no dia 20 de maio de 2002, nos artigos 132˚ a 134˚, consagrou o Ministério Público como órgão independente, integrante da organização judiciária, com estatuto próprio e uma estrutura autónoma, a Procuradoria-Geral da República, ao qual estão cometidas as funções de representação do Estado, do exercício da acção penal, da defesa dos menores, ausentes e incapazes, da defesa da legalidade democrática e da promoção do cumprimento da lei.
Saiba mais sobre a história do Ministério Público da República Democrática de Timor-Leste: aceder ao livro Ministério Público, XV Anos de Construção.